在欧洲牛和非洲大陆牛的全基因组对比中，分析非洲大陆牛的适应性有何特点

据以500个SNPs为增需求量的SNPs比例将原核生物站内界定。

在每个bin之从前，对于每个站内i，总和给定等于在i之从前的站内的分数被度需求量为经验P给定，遵循之从前报告的步骤，P给定小于0.005（0.5%）的周边被视为是感兴趣的原产地组之从前的显著波形，这种步骤是合适的，比如说是对于不可靠的现有人口总和模M-和给定，如后头的具体情况。

然而用作这种步骤检查到的可选择残基只不过不根本无法值得一提的是坐姿等位基因特异性的可选择。

此以外，我们还用作XP-CLR 来寻找原核生物之从前，在该残基上的特异性阈值的变化牵涉到得稍稍的周边，这是通过受影响周边的大小不一来分析的。

得知了特异性阈值的变化影响后，今天我们将开始研究者栖地人分化与本体。对于本次研究者最重为要的PCA，我们用作全部都是原核生物繁复等位基因分析方法来推估基本特征值，它与在基本特征链之从前意味着的PCA的基本特征值渐近等价，还以外了来自所有比对的等位基因M-原始数据，对于混分析方法，我们用作plink将等位基因M-原始数据允许在~ 20,000个总snp的随机邻域上，以列车运行本体发行版2.3 之从前的“混”模M-。

在经过5万次递归之后，我们可选择了2万次递归并对每个K给定重为复分析方法10次，然后在本体收割机之从前分析方法本体的输单单，该收割机意味着了Evanno步骤来推断最有只不过的挤满栖地人比例，我们用作VCFtools 4.0 来推估残基社会性和Fst不同总和需求量，用作VCFtools意味着的Fst和加权Fst推估需求量。

表1 在每个原产地的非常之从前，从XP-EHH和XP-CLR之从前已确定的主要候选周边的汇总

基于通过PLINK测算单单的所有比对的IBS距离线性原始数据，能用FigTree v1.4.0紧密结合了邻域相连大树。我们还能用TreeMix之从前意味着的相当大似然（ML）步骤推断了栖地人程度的亲缘，用作站内大小不一为1000来暗示超市不平衡状态（-k）和“-global”来分解单单ML大树。

移入惨案（-m）已按顺序添加到该大树之从前，能用PopSizeABC，新设后头栖地人(特异性所部和重为组为1e-8，MAF>为20%，每个相片特异性大小不一=为2000000原始数据集，推断除此以以外的后头栖地人总和历史记录。

结果与讨论:单残基等位基因氨基酸的化学合单单、单单品和核对

为了等到符合要求结果，我们分解单单48后头南非土著后头的个体原核生物，分别其余部分~11 X，并与公开的娱乐业后头原产地原核生物展开等位基因分M-，这些原产地以外锡兰后头、南非后头、东欧-亚太沿海地区后头和托，共五分解单单了65亿条reads或~644 Gbp的氨基酸。

用作Bowtie 2，将reads与后头磺酸参方知原核生物氨基酸UMD 3.1展开核对，平均核对所部为98.84%，其余部分了参方知原核生物的98.56%，与之从前对瘤后头的分析方法恰当，南非锡兰比对与参方知原核生物UMD 3.1的各个方面核对所部与南非后头磺酸比对的核对所部相当。

在过滤了潜在的PCR重为复氨基酸并不够正了由于INDELs的长期存在而所致的翻转后，我们用作GATK 3.1检查了单残基等位基因氨基酸（SNPs），在全部都是面性的分析方法之从前用作候选snp之从前，我们为广泛应用了几个过滤步骤来举例来说真中性函数调用的比例。

比如说是，根据以下标准消除snp：phred之比精确性评分、映射精确性、精确性深和phred之比P给定。最终共五计保持恰当了3700万个~的SNPs，并用作SnpSift核对单单了原产地等位基因表达的SNPs（参阅方知上文布1b）。

来自45个南非比对的原核生物DNA此以外，用作BovineSNP50等位基因分M-珠芯片展开等位基因分M-，以分析重为化学合单单原始数据之从前SNP函数调用的精确性，我们观察到BovineSNP50等位基因分M-珠芯片SNP与整个比对的重为化学合单单结果错综繁复的~95%的各个方面等位基因M-恰当性，为SNP函数调用的精确性提供了信心。

南非原核生物社会性和关系的单残基等位基因氨基酸

上文之从前的布1b标示单单了每个原产地之从前长期存在的snp的比例，以外特定原产地的snp，从不同的后头后代来看，在瘤后头，那里绝大多数的SNPs是显合的三个原产地值得一提的是候选南非瘤后头后代等位基因表达等位基因特异性显合的，大部分（65.13%）长期存在于等位基因间一区。

其余的SNPs分别毗邻开放阅读窗格的中游（3.90%）和中游（3.96%）、真核生物（26.0%）和非翻译一区（UTRs，0.240%），以外显子还以外总snp的0.69%，有115,439个错义特异性和1336个同义特异性。

残基社会性衡需求量，是一个族群人内的等位基因氨基酸程度，它被度需求量为从比对族群人之从前随机可选择的至多两个DNA氨基酸错综繁复每个残基的残基不同的平均比例，在10 Mb的全部都是原核生物站内尺度上，与所有南非海以外原产地相比较，东欧娱乐业原产地的残基社会性程度都难免增高（布2d）。

布2 南非后头与娱乐业后头错综繁复的现有人口本体和关系

在这里，全部都是原核生物程度上的残基社会性程度的增高是预期的，这只不过是世代间的集中人工可选择和/或等位基因漂变的结果，随后是以不够高必要栖地人数目为基本特征的现有人口总和历史记录。引人注目的是，恩达马也标示单单单单相对来说高的等位基因社会性，这只不过是以前的不够高必要栖地人数目和/或营养不良再一后的栖地人瓶颈的争讼。

南非瘤后头和贺科尔托的残基社会性最高，这些是混后头磺酸×瘤后头原产地，具相对来说相当大的必要栖地人数目，与其他娱乐业原产地相比较，娱乐业汉宇相对来说较高的残基社会性只不过体现了较弱、有持续性和很短的可选择历史记录。

现有人口本体及现有人口关系

我们用作基本特征链对常染色体snp等位基因M-原始数据展开了主单单分分析方法（参阅方知上文布2a），该分析方法显然了原产地单单员，但即使如此理解到了确实的原产地本体，因为比对来自同一原产地集群人在一起。从前两个pc，分别暗示了总等位基因特异性的16.0%和3.4%，将南非原产地与非南非原产地从前，其之从前Ankole后头处于之从前间位置。

分别基于南非、娱乐业和后头磺酸比对的PCA标示单单，没有原产地错综繁复的混或原产地内长期存在异常灵长目的证据。

为了全部都是面性理解族群人之从前的混程度，我们对一个随机抽样的SNPs邻域（~20,000个SNPs）用作了本体。我们将K从1增高到9，其之从前K是真定的氏族栖地人比例。

分析方法得出结论，K = 2是我们的比对之从前最只不过的等位基因不同族群人比例，体现了后头磺酸和瘤后头在后头栖地人之从前的不同，在K = 3之从前，Ankole标示单单单单明显的等位基因表征，与南非、亚太沿海地区瘤后头和娱乐业后头磺酸等位基因取材具携手的原核生物氏族。

K给定的增高得出结论，娱乐业栖地人的原产地相比较较程度高南非瘤后头原产地，此以外一个邻居相连大树（参阅看上列布2c）将每个原产地分离单单来单单它自己的法理的分支，东欧原产地挤满在一起，然后是汉宇和恩达马，同样，所有的南非瘤后头原产地挤满在一起，贺科尔灵长目毗邻瘤后头和恩达马错综繁复的之从前间位置。

后头的总和历史记录和移入惨案

与其他南非后头相比较，恩达马后头只不过造成了了不够致使为的现有人口增高，这一观察结果与在亚温带半湿润和落叶的喀麦隆生态种系统之从前，氏族栖地人驶单单和充分利用后的初始栖地人瓶颈相恰当，这些喀麦隆后头栖地人除此以以外受到了取而代之生态种系统压力，施加了强劲的充分利用性允许。

此以外，奥加登和卢瓦雷和贺的推估标示单单，大约1000年从前的后头口数目稍稍增高，这与第一波瘤后头通过大陆之角驶单单的时间相对来说应，它们都有一个携手的栖地人增高，从大约10,000 BP开始，这只不过是新石器时代繁育惨案的结果。

然后，我们能用Treemix重为建了9个原产地的相当大似然大树（布3b）和残差线性，以解决栖地人历史记录关系，并识别单单相互之以外的栖地人对被这棵大树捕获，将顺序移入惨案添加到大树之从前，我们辨认单单一个推断的移入边归因于一个残差最小的大树，因此它是最适合原始数据的。

布3 南非后头的必要栖地人数目和历史记录

我们观察到一个具总和学意义的移入边缘（P 卢旺达的荷巴德后头。

南非后头对生态种系统压力和进化可选择的充分利用

我们非常了南非后头原产地的原核生物与SNP芯片原始数据，社会性太不够高了后头磺酸混血儿和不够高估命令混血儿全部都是原核生物化学合单单，可以克服这个允许已确定相反，必需使现有人口分析方法现有人口和识别要能在南非b的可选择。

比如说是，我们用作地一区性族群人扩展单倍M-显合度（XPEHH）和地一区性族群人复合似然比（XP-CLR），检查了扩展超市周边上的倾向单倍M-显合度和特异性阈值分化，重新考虑到南非籼后头错综繁复的等位基因距离较近，将恩达马后头和贺科尔后头原产地分别与所有其他南非原产地展开非常，以核对南非原产地等位基因表达基本特征。

XP-EHH在小比对需求量（不够高至10个比对）下保持kW，此以外当族群人间错综繁复的等位基因距离（FST）推估等于或相似0.05时，如我们的分析方法，每个族群人不够高于20个个体就根本无法用以族群人分化分析方法。

为了能够非常族群人间的原核生物周边，我们将原核生物拆分为50 Kb的不对应相片。离群人周边被视为是繁殖特定的候选周边，用以全部都是面性分析方法（单倍M-和等位基因氨基酸）。

恩达马对艾氏再一的充分利用

我们首先研究者了，对艾氏再一的不够高剂需求量对南非后头的原核生物的影响。南非艾氏是一种细胞内以外原生灵长目细菌，可所致进化（晕厥眼疾）和家畜的致使为营养不良；大约有6000数百人和5000万后头后头生活在艾氏眼疾毒感染的风险之从前。

在少数“温艾氏”的海以外南非后头原产地之从前，喀麦隆的恩达马是最典M-的，而“新来的”锡兰通常对艾氏眼疾高度脆弱。因此，我们将恩达马原核生物，与所有其他南非后头原产地展开了非常。XP-EHH和XP-CLR分析方法的离群人站内分别以外124和106个等位基因，其之从前28个是两种分析方法之从前携手的。

这种相对来说适度的对应，只不过是由于设计用以检查受实质上或不实质上可软性读取影响的周边的测试错综繁复的kW不同造单单的。

其之从前，我们辨认单单HCRTR1（XP-CLR = 597.3）字节下下缀素在肽A（布4），归入胺肽超三兄弟之从前的I类亚三兄弟，与Ca2+动员胺。中枢神经分泌素在是由中枢神经以外侧和白塔以外面周边的这群人人突触归因于的，它们积极参与控制哺乳灵长目的进食使用暴力。

布4 在N‘Dama HCRTR1、SLC40A1、EPB42和STOM等位基因周边的可软性读取基本特征

与其他南非后头相比较，N‘Dama在HCRTR1周边发挥单单几乎显的单倍M-显合度，我们还在该等位基因之从前检查到7个非专指等位基因特异性（参阅方知上列布4b）。大需求量研究者得出结论，中枢神经泌素在等位基因的等位基因氨基酸与进食和饮酒使用暴力的发生变化有关。

比如说是，皮质醇素在-A、G细胞内胺肽的内源性羰基、诱因的食物消耗和皮质醇素在早先RNA通过禁食而上调，这些法理的研究者得出结论，中枢神经泌素在在进食调节之从前起着重为要起到。这只不过暗示了恩达马在艾氏眼疾毒感染后，在保有增重为和反抗吸毒和消瘦方面的优越意志力。

恩达马后头在温艾氏，至少有两个额以外的基本特征：反抗性疾眼疾的意志力和控制细菌增殖的意志力。性疾眼疾是艾氏眼疾毒感染最突单单和最恰当的临床体征，是用药的主要基准。我们在原核生物周边内辨认单单了5个与性疾眼疾之以外的中性可选择的等位基因（SLC40A1、STOM、SBDS、EPB42和RPS26）。

铁单单口商SLC40A1（XP-EHH = 3.32，XP-CLR = 831.1）对铁波形是重要环节的，因此它与缺铁性性疾眼疾有关。该等位基因标示单单单单残基社会性的局部减少，单倍M-模式难免扩展（参阅看上列布4c）。

给定得注意的是，我们在N‘Dama之从前辨认单单了一个固定的SLC40A1单倍M-，在其他南非后头和娱乐业原产地之从前辨认单单的阈值分别为24%和58%，强烈大力支持该等位基因的可选择（参阅看上列布4d与4e）。

腹腔细胞内（STOM，XPCLR = 525.0）是一种以鲜方知的进化单单血性性疾眼疾名称的等位基因，它字节一个31-kDa的完整膜细胞内。SBDS（XP-EHH = 2.91）EPB42（XPCLR = 511.1）等位基因的特异性分别所致不够高色性性疾眼疾和等位基因性单单血性性疾眼疾，而在钻石-黑扇性疾眼疾眼疾症之从前辨认单单了RPS26（XP-CLR = 562.8）等位基因的特异性。

我们全部都是面性选取了这些候选等位基因的非专指特异性值得一提的是的真定的机能等位基因特异性。给定得注意的是，错义snp发生变化了STOM之从前的氨基酸(p。Met48Val)和EPB42 (p。Arg503His)细胞内质。与所有其他原产地相比较，这两种特异性等位基因特异性在恩达马后头之从前都是实质上固定的（参阅看上列布4f和4g）。

南非后头充分利用蜱虫的再一

南非后头原产地已经变异到，能够充分利用西非以北南非长期长期存在的恶劣生态种系统具体情况下，如亚温带牲畜营养不良、高辐射能和温度、旱季和营养不良的，这些生态种系统具体情况下在西非以北南非地一区长期长期存在，鼓励可选择的波形只不过在南非原产地之从前长期长期存在。

为了调查这一点，我们将所有南非原产地合并，并与娱乐业原产地展开非常，以已确定常方知和截然不同的南非原核生物等位基因表达可选择基本特征，在这项非常之从前，XPCLR和XP-EHH分析方法标示单单了还以外252个等位基因的异常站内。

其之从前，我们辨认单单了还以外后头淋巴细胞内抗体等位基因的周边。通过对该周边的详细检查，我们已确定了6个BOLA单倍M-块，其之从前主要的南非后头单倍M-对应于娱乐业后头的对比或次要单倍M-。

BOLA-DRB3特异性与后头对蜱侵染的抗性有关，后头淋巴细胞内抗体复合物由于其在宿主免疫细胞之从前的重为要性，在过去30年来得不到了为广泛的研究者。

今天我们开始研究者南非后头的温温。为了核对南非后头之从前专责温调节的原核生物周边，我们能用先从前核对的13个温温比例等位基因残基（QTL）周边和18个温痉挛细胞内，可选择了一个先验候选等位基因，这些周边都没有得不到我们所用作的XP-EHH和XP-CLR的携手基准的大力支持。

然后，我们分析方法了南非后头与东欧和亚太沿海地区后头磺酸的单倍M-显合子模式。与我们之从前的结果恰当，我们辨认单单在检查随机原核生物周边时，娱乐业原产地的单倍M-共五享相当为广泛。

然而，看看南非原产地的候选地一区与娱乐业相比较，后头的温温等位基因（布5a）和一个温痉挛细胞内，温痉挛70 kDa细胞内4，得出结论该地一区的温温的可软性读取，细胞内对温应激的不够高剂需求量是由一个温痉挛细胞内三兄弟特异性的。温痉挛细胞内70可以促进细胞内抗温烧伤的必要措施和防止细胞内变性。

在这些地方的单倍M-共五享的程度有两个地一区，相当为广泛南非后头则在恩达马，这是与之从前的一份报告是恰当的。

布5 一种与南非后头的温温之以外的可软性读取

我们的氧化薄膜分析方法标示单单了Wnt波形移动式（P00057）最显著的掺入，以及积极参与调节黏膜心脏的移动式：内皮素在波形移动式（P00019）和组胺H1肽特异性的波形移动式（P04385）。

在温波形再一时，黏膜心脏的灵长类灵长目控制对于保有长时间心率至关重为要，比如说是在心率过程之从前黏膜心脏的飙升含有H1组胺肽单单分，这些途径只不过在南非后头之从前迅速变异，这只不过暗示了它们在细胞内和生理程度上与温带后头原产地相比较具实质上不同的温温程度。

结语

我们的研究者结果在全部都是原核生物程度上理解到了南非后头截然不同的充分利用性社会性，同时突显了在南非大陆持续性提高牲畜生产线力的机会。

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